常规锅炉的燃烧系统可由司炉工直接控制，司炉工可根据生产的需要对燃烧进行调整。而进入余热锅炉的高温烟气的数量和温度，取决于工艺生产过程，司炉工不能进行直接控制。工艺生产过程的变化将会引起余热锅炉生产的波动，给司炉工的操作带来一定的困难。

高温烟气中灰分含量很高。进入余热锅炉的烟气中不但有燃料中含有的灰分，还有工艺生产过程中进入烟气中的灰分。例如，水泥回转窑排出的高温烟气中含有很多灰分，催化裂化装置再生器排出的高温再生烟气中含有较多的粉状催化剂。烟气中灰分含量高，不但对流受热面的磨损加剧，而且因为受热面积灰严重，需要经常除灰和定期停炉清扫，给生产带来一定的困难。

有些高温烟气中含有较多的so2和so3,使得烟气露点升高，受热面的低温腐蚀比较严重，检修工作量增加。

大多数高温烟气的温度在500~900℃之间。为了尽可能地产生中压或高压蒸汽，以提高经济效益，余热锅炉的过热器位置与常规锅炉不同。常规锅炉的过热器布置在炉膛出口，而余热锅炉的过热器大多布置在炉膛入口，这给点炉过程中如何保护过热器使之避免过热烧坏增加了困难。

常规锅炉的烟气侧是负压，烟气侧的密封比较容易，即使有少量烟气漏泄也不会危及锅炉的正常生产。而有些余热锅炉热源侧不但是高温而且还是正压的，这对受热面材质的耐热性能要求和热源侧严密性要求很高。虽然余热锅炉在有些方面的技术比常规锅炉更复杂，但是只要熟练地掌握了每台余热锅炉的原理和特点，认真细致地操作，各种困难都是可以克服的，安全生产也是可以保证的。